La Gestión Pastoral Educativa, que consolida la Pastoral en las instituciones del Sistema Educativo Arquidiocesano, es el eje fundamental y transversal de todos los procesos realizados por la Fundación Arquidiocesana para la Educación. Existe un vínculo a las líneas orientadoras eclesiales que desde la Iglesia Particular de Medellín se trazan, para hacer de la educación, ante todo, un hecho pastoral.

Además, la Fundación está adherida a la evangelización de la Arquidiócesis, motivo por el cual, cada colaborador de la Fundación piensa y actúa como auténtico agente de pastoral, de ahí la constante preocupación por la formación humana y cristiana de los integrantes de las instituciones educativas.

La Fundación Arquidiocesana para la Educación es una organización de la Arquidiócesis de Medellín y por lo tanto es pastoreada por el Señor Arzobispo de Medellín quien guía y motiva, para que el Evangelio permee la comunidad educativa: Estudiantes, padres de familia y el personal que trabaja en los colegios y la Fundación.

La Gestión de Pastoral es la presencia viva de la Iglesia en la Educación.